本发明公开了一种工业大麻收割分离系统,包括收割机、驾驶室和动力源,收割机前方包括上层切割机构和下层切割机构,后方包括种叶箱和麻杆箱,上层切割机构和种叶箱之间设有上层输送机构,下层切割机构和麻杆箱之间设有下层输送机构,上层输送机构和下层输送机构都设置于驾驶室和动力源的同一侧;麻杆箱,设置于收割机后侧,麻杆箱后侧设有门,作为杆出口,麻杆箱下方设有轮胎,种叶箱设置于麻杆箱上方,在麻杆箱上设有伸缩杆,伸缩杆的上端连接到种叶箱的后侧面,在收割机后段上侧也设有伸缩杆并连接到种叶箱的底部。本发明通过对结构的改进,使其能够同时对杆和叶进行切割采集,并实现前期的初步分离和储存,以提高产品后续加工的便捷程度。