本发明提供一种耐低盐大黄鱼的选育方法,该方法采用双层养殖池,包括上层孵化池和下层养成池,包括:在盐度为20-30‰的水中进行大黄鱼授精操作,将获得的受精卵依次清洗、消毒后转移到孵化池中;控制孵化池的盐度为11‰,并进行大黄鱼受精卵孵化,之后将孵化的仔鱼引入养成池;控制养成池的初始盐度为11‰,然后以每天降盐1‰的速度将养成池的盐度下降至4-6‰,并保持在该盐度条件下继续养殖大黄鱼至体质量在1kg以上;将体重在1kg以上的大黄鱼再引入至孵化池进行性腺强化培育后作为耐低盐亲本;并在孵化池中于盐度20-30‰进行催产、受精卵的收集和消毒处理,直至培育成开口仔鱼;将开口仔鱼再引入至养成池中按照步骤3的盐度梯度递减至4-6‰的方式进行多代子代低盐培育。