本发明公开了一种适用于克罗恩病的全营养膳食组合物及其制备方法，包括以下组分构成：葡萄糖、雪胆多糖、水解乳清蛋白小分子肽、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、甘氨酸、组氨酸、乳脂、中链甘油三酯、玉米油、n-3不饱和脂肪酸、胆碱、牛磺酸、雪胆多酚、姜黄素、维生素A、维生素D、维生素E、维生素C、钾、镁、钙、磷、锌、硒、铁、谷氨酰胺、精氨酸、烟酸、泛酸、维生素B₁、维生素B₂、维生素B₆、维生素B₁₂、叶酸、碘、维生素K₁、生物素。本发明选用小分子肽，能够减轻肠道负担，缓解腹泻，同时添加多种抗氧化营养素，协同发挥抗氧化的乘法效应，以降低术后氧化应激反应，减少克罗恩病患者术后感染和并发症的风险。