本发明公开了一种低发酵的用于改善胃肠功能紊乱的膳食组合物及其制备方法,所述组合物包括:大豆分离蛋白、海藻蛋白、菜籽低聚肽、大豆油粉末油脂、中链甘油三酯、葡萄糖、维生素A 、维生素D3、维生素E、维生素K4、维生素B1、维生素B2、维生素B6、维生素B12、烟酸,叶酸、泛酸、维生素C、钠、钾、铁、钙、镁、锌、碘、氯、硒、瓜尔豆胶、车前子壳纤维、γ-氨基丁酸、omega-3脂肪酸、益生菌。本申请的一个技术效果在于,有效替代低FODMAP饮食疗法,在营养均衡的基础上控制肠道气体和短链脂肪酸的产量,改善腹痛、腹胀、腹泻和便秘等胃肠道症状。